El mes de desembre de 1926, pocs dies després del debut de Joan Magrinyà en el cos de ball del Ballet del Gran Teatre del Liceu, es posa malalt un ballarí de la companyia de Wassilief i ja actua com a solista en La nit de maig de Rimski Korsakoff i en Capricis d’Oksana. També li demana Pauleta Pamies que balli com a ballarí solista a l’Aida, precisament en la funció de la nit de Nadal.
El 1927, Joan Magrinyà continua al cos de ball del Liceu, que l’any següent encapsa-la Manolita del Rio com a primera ballarina. Aquell 1928 torna al Liceu Teresina Boronat amb el seu extens repertori en què hi ha balls de sabatilla clàssics, de sabata amb taló pels balls flamencs i amb espardenyes per les danses regionals.
El 1929 Carmen Salazar i Joan Magrinyà ja són els primers ballarins del cos de ball per les òperas de repertori italià i francès en el qual continua com a mestre de ball Pauleta Pamies, però l’empresa contracta dues primeras figures, Igor Miloradovitch i Dida Woinova per les òperes russes. El 23 de novembre de 1930 es representa l’òpera Faust de Gounod. La crítica es fa ressó de l’excel·lent actuació de la Salazar i d’en Magrinyà, al que li donen el qualificatiu de “alat”.
El 1932 marxa Carmen Salazar del Liceu i és nomenada Alicia Calado com la primera ballarina. L’any següent torna Carmen Salazar i hi està fins al 1935.
El 31 de març de 1937 mort Pauleta Pàmies i el Sr. Mestres, empresari del Liceo li proposa dirigir el cos de ball a Magrinyà, proposta que accepta. Li demana la col·laboració de Rosita Segòvia com a primera ballarina, així com Maria Lluïsa Nogués i Trini Borrull
Aquella temporada Magrinyà estrena el seu primer ballet pel Liceu. És Corrida de feria.
Durant la guerra civil se suspèn l’òpera al Liceu. El 4 de març de 1938 es reprèn l’activitat al Liceu i es posa en escena un conjunt d’òperes franceses i sarsueles. Es representen el Fandango del Candil, Doña Francisquita, La Dolores o Las Golondrinas. Aquestes coreografies curtes també es deuen a Magrinyà que balla juntament amb Trini Borrull, Maria Lluïsa Nogués, Rosita Segòvia i Agustí Montesan.
El 1939 María de Ávila és nomenada “Prima Ballerina Assoluta” del Ballet del Liceu, juntament amb Joan Magrinà que estrena amb Filo Feliu i el cos de ball una altra important coreografia: el Carnaval de Schumann.
És en aquells anys 1940 i 1941 quan Joan Magrinyà es consolida com a mestre de ball i director coreogràfic del Ballet del Gran Teatre del Liceu. En aquells anys passen pel Ballet del Liceu ballarins i ballarines importants dins del món coreogràfic català. Rosario Contreras com a solista, Trini Borrull com a protagonista de El amor brujo de Falla i coreografia de Magrinyà, o Emma Maleras i Isidre Fuentes, que juntament amb María de Ávila protagonitzen un altre ballet amb coreografia de Joan Magrinyà: El carilló màgic amb música de Pick Mangiagalli. El 1942 es torna a ballar El amor brujo de falla, ara amb Joan Magrinyà, María de Avila, Rosario de Alba i Josep Ferrán.
La situació interna del país provoca l’absència de companyies internacionals entre els anys 1944 al 1947, però aquesta absència és suplida pel Ballet del Liceu amb Joan Magrinyà, María de Ávila i Josep Ferrán al capdavant, juntament amb Carmen Vicente, Consol Sánchez, Jesús Garín o Jordi Ventura. A més de fer les òperes també feien cada temporada un ballet, entre els quants figuren El amor brujo (representat cinc vegades l’any 1948), La vida breve i Carnaval..
El 1948 María de Ávila deixa el Liceu, i la temporada 1950/51 es contracta novament com a primera ballarina del Liceo a Rosita Segovia. El 1950 Jesús Garín és primer ballarí i dos anys més tard ho es Emili Altés. La temporada 1951-1952 s’estrena el ballet La Revoltosa. I la temporada següent Rosita Segovia protagonitza l’estrena mundial al Liceu de Rosario La Tirana amb coreografia de Joan Magrinyà i música de Joan Manén.
L’any següent, el 1953 Aurora Pons és nomenada primera ballarina estrella hi ho serà durant 12 anys. El 1954 Consol Sànchez és primera ballarina, i s’estrena en aquella temporada La moza y el estudiante i en la de 1955-1956 Magrinyà estrena Pavana Real amb música de Joaquín Rodrigo amb Aurora Pons, Alexandra Dimina, Emili Altés i Miquel Navarro en els rols principals. En aquell any Maruja Blanco és nomenada primera ballarina del Liceu.
Els dies 2 i 3 de febrer de 1957 Joan Magrinyà fa les dues darreres funcions com a ballarí al Liceu. La del 2 de febrer és en honor al baríton Manuel Ausensi. La del 3 de febrer és com homenatge a Magrinyà. En la primera part es ballen Goyescas. La segona part és un festival de dansa amb una desfilada del cos de ball, Variaciones Románticas de Schubert, Divertimentos i el ballet de Xavier Montsalvatge, Romance de los celos. La tercera part es va interpretar els Tapices de Goya (policromia del segle XVIII) amb les set parts: La vendiminia, Baile de San Antonio de la Florida, El Pelele, La acerolera, Los majos, La maja y los embozados i Fantasía en la pradera de San Isidro. Aquesta important coreografia del mestre Magrinyà és segurament una de les millors aconseguides. Aquella funció de comiat va proporcionar un destacat triomf al mateix Magrinyà i tots els seus intèrprets, que van ser Aurora Pons, Antoñita Barrera, Araceli Torrens i el cos de ball, amb la col·laboració especial de Filo Feliu.
A partir d’aquell moment Joan Magrinyà continua al Liceu, però només com a mestre de ball i coreògraf.